物种形成和适应性进化是进化生物学研究的核心内容。植物所科研人员澄清了稻属物种起源和进化的历史，揭示了栽培稻驯化的历史及机制，阐明了平行式物种形成过程中基因组变异和进化规律；发现网状进化和海平面波动驱动了兜兰属物种多样性的形成，为兰科物种多样性形成机制提供了新的观点；揭示了高山松物种形成的机制，发现杂交、幼苗选择和生态位分化是该物种形成的重要驱动因子，为杂交物种起源和生态物种形成研究树立了范例；揭示了长期平衡选择和平行进化对拟南芥及其近缘种适应性的贡献，为理解进化可预测性这一基本生物学问题提供了关键实证。另外，还发起了对物种概念和物种划分标准的大讨论，并提出了一个可操作的物种概念。研究结果发表在PNAS、Plant Cell、Genome Biology、Molecular Biology and Evolution、Molecular Ecology、New Phytologist等刊物上。 

　　野生稻基因的表达分化与生态式物种形成 

　　荠菜的杂交式物种形成与适应性进化