植物所主办的6个学术期刊和1个科学人文杂志，分别是：Journal of Integrative Plant Biology（JIPB）、Journal of Systematics and Evolution (JSE) 、Journal of Plant Ecology（JPE）、植物生态学报、生物多样性、植物学报、生命世界。其中3个英文学术期刊均被SCI收录，3个中文学术期刊在全国生命科学领域中始终处于领先地位，1个科学人文杂志在业界有着广泛的影响和良好声誉。