本项目为科技部国际科技合作重点项目计划（2002年4月－2007年3月，共支持经费650万元）。由中科院植物研究所主持，中科院昆明动物研究所、微生物研究所，复旦大学等单位参加；国外合作者包括来自美国、英国、日本等国的优秀科学家。在稻族的起源和系统发育重建、菌根菌松茸及其相关类群的分化和系统发育重建、兰花与昆虫传粉及其进化意义、动物适应进化的遗传机制以及植物多倍体的起源和进化等研究方面取得了重要进展。

总结了稻族系统发育关系研究的进展，对稻属物种形成机制进行了有益的探讨，利用水稻基因组的数据，采用谱系基因组的院里和方法，对稻属系统发育关系进行了深入的探讨；测定了20多种披碱草属植物和4个二倍体祖先属的5个基因序列，阐述了披碱草属的系统发育关系以及存在的杂交和染色体加倍事件，提出了一种新的多倍体进化机制；探讨了松茸（松口蘑）复合种的进化关系，结合气候、地质变迁等因素，分析了松口蘑复合种的遗传多样性和分布格局，推测了可能的起源中心和传播途径，对我国其他菌根菌如块菌属和牛干菌做了一些种类名称等方面的订正工作；完成了特有属植物独花兰的传粉生物学和群体遗传学研究，完成了6种杓兰、3种兜兰和少花虾脊兰的传粉总结工作；选取了进化速率比较快的线粒体控制区作为遗传标记，研究了我国著名的珍稀濒危保护动物川金丝猴，估测了现存川金丝猴群体的有效群体大小，表明现存的川金丝猴可能起源于岷山群体，通过对懒猴属动物的分子系统学的分析确定了该属的系统发育关系，揭示了N.c.menagensis可能是一个独立的种。迄今获得批准专利3项，发表研究论文68篇（SCI收录刊物52篇）。其中，10余篇研究结果发表在Cur Opin Genet Dev, Mol Biol Evol, Phil Trans R Soc B, Mol Phylogenet Evol，New Phytol, J Mol Evol, Mol Breed等该领域的国际重要刊物上。

通过与国外同行的合作，以及在合作过程中的请进来和派出去，本项目组成员出访美国、英国、德国、奥地利、日本、韩国等国26人次，参加国际会议并作报告22人次。邀请海外合作者来访、讲学和交流16人次。通过国际合作和交换，还获得了一些关键性的实验材料和实验技术。

项目实施过程中培养了博士28名和硕士生14名。研究生有8人次获中科院院长奖学金等各类奖学金。

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