报告题目：NGS测序和大型动植物基因组组装
报告人：宁泽民博士 英国Sanger研究所
时 间：2012年3月27日（星期二）下午4:00-5:30
地 点：北京大学生命科学学院一楼报告厅
报告人简介
为推动高通量测序技术的应用，中科院植物所、中科院北京生命科学研究院和北京大学生物信息中心于2012年3-7月联合举办"高通量组学数据分析技术"系列论坛。2012年3月19日，中科院北京基因组研究所副所长于军研究员在植物所作了题为"DNA测序技术的未来与应用"的报告。来自中科院、中国农业科学院、北京大学、清华大学等科研机构和高等院校的150多位师生聆听了于军研究员的精彩报告，并就高通量测序技术及其应用的前景和技术，与于军研究员进行了讨论。
论坛将邀请国内外相关领域专家，就基因组测序及装配、转录组测序（RNA-Seq）、基因组重测序（Re-sequencing）、宏基因组（Meta-genomics）、非编码RNA、基因组DNA甲基化等专题做专题报告，并对高通量组学数据分析的策略、方法和技术细节进行深入讨论。
特邀请英国Sanger研究所宁泽民博士就基因组测序及装配专题做第二期报告。宁泽民博士将介绍三种常用拼接算法以及目前流行的基因组序列组装软件，并以他本人直接参与的袋獾（Tasmanian Devil）基因组项目为例，介绍序列组装过程，包括样库设计、叠连群（Contig）和序列框架（Scaffold）拼接，以及Scaffold的染色体定位等；介绍草鱼、毛竹、芒草等大型动植物基因组拼接中的问题和策略。并就序列组装的技术细节，回答大家的问题。
报告人简介
宁泽民博士1995年获工学博士学位。1999年受聘于英国Sanger研究所，现任该所Senior Scientific Manager。近10多年来从事软件开发和数据分析，主持和参与SSAHA/SSAHA2、ssahaSNP、Pindel、smalt 、Phusion等数据库搜索和序列组装软件开发。参与人、小鼠、斑马鱼等国际基因组计划并与国内多个研究机构开展合作。Sanger研究所是国际著名基因组测序和研究中心，宁泽民博士将简要介绍该所基因组研究项目及基因组数据和生物信息资源。
主要参考文献
Scally A, et al. (2012) Insights into hominid evolution from the gorilla genome sequence, Nature, 483:169-175.
Murchison EP, et al. (2012) Genome sequencing and analysis of the tasmanian devil and its transmissible cancer, Cell. 48:780-791
Earl D., et al (2011) Assemblathon 1: a competitive assessment of de novo short read assembly methods. Genome Res, 21:2224-2241.
Erin D, et al. (2010) A comprehensive catalogue of somatic mutations from a human cancer genome. Nature, 463:191-196.
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