2005年毕业于云南大学生物科学基地班，2010年在中国科学院植物研究所获博士学位并留所工作，历任助理研究员、副研究员和研究员，2012至2013年在美国密歇根大学进行合作研究。主要从事基因组学、分子进化生物学和进化发育生物学研究，在“花发育基因家族的进化”、“重复基因的结构分化”及“RNA编辑位点的进化”等研究中取得了重要进展，以第一或通讯作者在PNAS（3篇）、Molecular Biology and Evolution、New Phytologist、Journal of Integrative Plant Biology和Frontiers in Plant Science等刊物上发表多篇论文。

2009年中国科学院院长奖学金优秀奖，2010年获中国科学院朱李月华优秀博士生奖，2011年获中国科学院优秀博士学位论文奖，2013年入选“中国科学院青年创新促进会”，2014年获“国家优秀青年科学基金”资助，2015年获“中国科学院卢嘉锡青年人才奖”，2017年入选“中国科学院青年创新促进会优秀会员”。

主要研究工作： 

（1）利用生物信息学和分子进化生物学的手段，通过对模式生物基因组的研究，揭示植物中重要基因和基因家族的进化历史及其序列、结构和功能分化式样，探讨新基因、新功能和新性状产生的途径；

（2）借助群体基因组学和进化遗传学的技术和方法，通过对毛茛科耧斗菜属多组学数据的测定和分析，揭示该属植物花瓣形态多样化的基因组基础，探讨其物种形成和辐射分化的原因；

（3）采用表观基因组学的方法，通过对多个代表植物类群的系统研究，揭示RNA编辑、甲基化修饰等表观遗传位点/修饰产生和进化的规律，探讨其对生物进化的影响。 

主持的科研项目 

中国科学院战略性先导科技专项（A类）“创建生态草牧业科技体系”之子课题“苜蓿现蕾期调控分子元件解析与新材料分子选育”（XDA26030104，900万，2020.11-2025.10），主持人；

国家自然科学基金面上项目“无距耧斗菜距丢失的分子机制及其适应性研究”（31870207, 直接经费60万, 2019.01- 2022.12），主持人；

中国科学院青年创新促进会优秀会员专项经费（80万, 2018.01-2020.12），主持人；

国家自然科学基金面上项目“植物中RNA编辑的进化式样研究”（31570227, 75.2万, 2016.01- 2019.12），主持人；

国家优秀青年科学基金项目“植物进化与发育”（31422006, 100万, 2015.01- 2017.12），主持人；

国家自然科学基金委青年基金项目“重复基因结构分化的机制及其偏好性研究”（31100170, 22万, 2012.01-2014.12），主持人；

中国科学院青年创新促进会专项经费（40万, 2013.01-2016.12），主持人；

中国科学院“优秀博士学位论文、院长奖获得者科研启动专项资金”（10万, 2011.09-2014.09），主持人。

研究论文（注*为通讯作者） 

2020

Jiang Y, Wang M, Zhang R, Xie J, Duan X, Shan H, Xu G*, Kong H*. 2020. Identification of the target genes of AqAPETALA3-3 (AqAP3-3) in Aquilegia coerulea (Ranunculaceae) helps understand the molecular bases of the conserved and nonconserved features of petals. New Phytologist 227: 1235-1248.

Xie J, Zhao H, Li K, Zhang R, Jiang Y, Wang M, Guo X, Yu B, Kong H*, Jiao Y*, Xu G*. 2020. A chromosome-scale reference genome of Aquilegia oxysepala var. kansuensis. Horticulture Research  7: 113.

Zhang R, Fu X, Zhao C, Cheng J, Liao H, Wang P, Yao X, Duan X, Yuan Y, Xu G, Kramer EM, Shan H, Kong H*. 2020. Identification of the key regulatory genes involved in elaborate petal development and specialized character formation in Nigella damascena (Ranunculaceae). The Plant Cell 32: 3095-3112.

2019

Zhai W, Duan X, Zhang R, Guo C, Li L, Xu G, Shan H, Kong H*, Ren Y*. 2019. Chloroplast genomic data provide new and robust insights into the phylogeny and evolution of the Ranunculaceae. Molecular Phylogenetics and Evolution 135: 12-21.

2016

Liao I*, Shan H, Xu G, Zhang R. 2016. Bridging evolution and development in plants.New Phytologist212: 827–830.

Yu X, Duan X, Zhang R, Ye L, Fu X, Kong H, Xu G*, Shan H*. 2016. Prevalent exon-intron structural changes in the APETALA1/FRUITFULL, SEPALLATA, AGAMOUS-LIKE6, and FLOWERING LOCUS C MADS-Box gene subfamilies provide new insights into their evolution. Frontiers in Plant Science 7: 598.

2015及以前

Xu G,Zhang J*. 2015. In search of beneficial coding RNA editing. Molecular Biology and Evolution 32: 536–541.

Li L, Yu X, Guo C, Duan X, Shan H, Zhang R, Xu G, Kong H*.2015. Interactions among proteins of floral MADS-box genes in Nuphar pumila (Nymphaeaceae) and the most recent common ancestor of extant angiosperms help understand the underlying mechanisms of the origin of the flower. Journal of Systematics and Evolution53: 285–296.

Xu G, Zhang J*. 2014. Human coding RNA editing is generally nonadaptive. Proceedings of the National Academy of Sciences USA 111: 3769–3774.

Jia R, Guo C, Xu G, Shan H, Kong H*. 2014. Evolution of the cyclin gene family in plants. Journal of Systematics and Evolution 52: 651–659.

Xu G, Guo C, Shan H, Kong H*. 2012. Divergence of duplicate genes in exon-intron structure. Proceedings of the National Academy of Sciences USA 109: 1187–1192.

Wang B, Zhang N, Guo C, Xu G, Kong H, Shan H*. 2012. Evolutionary divergence of the APETALA1 and CAULIFLOWER proteins. Journal of Systematics and Evolution 50: 502–511.

Liu Y, Guo C, Xu G, Shan H, Kong H*. 2011. Evolutionary pattern of the regulatory network for flower development: Insights gained from a comparison of two Arabidopsis species. Journal of Systematics and Evolution 49: 528–538.

李安, 徐桂霞, 孔宏智*. 2011. F-box基因拷贝数目变异的机制研究：以12种果蝇为例. 生物多样性19: 3–16.

薛皓月, 徐桂霞, 国春策, 山红艳, 孔宏智*. 2010. 拟南芥和琴叶拟南芥中MADS-box基因的比较进化分析. 生物多样性18: 109–119.

Xu G, Ma H, Nei M, Kong H*. 2009. Evolution of F-box genes in plants: different modes of sequence divergence and their relationships with functional diversification. Proceedings of the National Academy of Sciences USA 106: 835–840.

Xu G, Kong H*. 2007. Duplication and divergence of floral MADS-box genes in grasses: Evidence for the generation and modification of novel regulators. Journal of Integrative Plant Biology 49: 927–939.   

Shan H, Zhan N, Liu C, Xu G, Zhang J, Chen Z*, Kong H*. 2007. Patterns of gene duplication and functional diversification during the evolution of the AP1/SQUA subfamily of plant MADS-box genes. Molecular Phylogenetics and Evolution 44: 26–41.

张剑*, 徐桂霞, 薛皓月, 胡瑾. 2007. 植物进化发育生物学的形成与研究进展. 植物学通报24: 1–30.